东喜玛拉雅研究院团队以泡菜发酵液微宇宙为模型发现，答案并不总是肯定的：发酵早期，大体积生境更占优势；到了后期，部分小体积生境却实现了“反超”。

研究团队将同一批充分混合的泡菜发酵液，分别装入10、20、50、100、250、500和1000毫升的无菌密闭容器中，构建了7种不同尺度的“液体岛屿”。实验持续60天，在26个时间点采集549份样品，并通过16S rRNA测序持续追踪细菌群落变化。

结果显示，系统发育多样性—生境大小关系（Phylogenetic Diversity–Habitat SizeRelationship, PDSR）并不是一条始终稳定的规律，而是会随着群落演替发生阶段性变化。

发酵早期，大体积生境具有更高的系统发育多样性。更大的生境能够降低稀有类群在群落建立初期随机丢失的概率，因此保留了更多低丰度谱系和进化分支。

进入中后期，大体积生境的优势逐渐减弱，小体积生境逆袭。这一反转可能与pH下降引发的群落重组，以及部分低丰度或潜在休眠谱系重新出现有关。了一个重要变量——时间。空间决定哪些谱系有机会留下，时间则决定它们最终如何重组。

正所谓“时移势易”。泡菜坛里这一场微生物世界的时间赛跑表明，大者未必恒强，小者亦可后来居上。

论文题目

Temporal Dependence of the Phylogenetic Diversity–Habitat Size Relationship: Evidence from a Closed Fermentation System

作者   

Yiting Cheng(程依婷)、Wei Deng(邓巍)、Kun Tan(谭坤)、Wen Xiao(肖文) 

期刊  

Microorganisms

发表时间   

2026年7月14日

DOI https://doi.org/10.3390/microorganisms14071539

资助项目  国家自然科学基金项目（32371557